Mutation Trajectory of Omicron SARS-CoV-2 Virus, Measured by Principal Component Analysis

https://doi.org/10.3390/covid4040038

SARS-CoV-2ウイルスによって引き起こされるCOVID-19は、世界中で多数の患者と死者を出している前例のない感染症である[1]。このウイルスは次々と変異を繰り返しており[2,3]、これらの変異を理解することは、将来の挙動を予測する上で極めて重要である。このウイルスのスパイク・タンパク質がヒトのACE2タンパク質と結合することは、感染の初期に起こる重要な出来事である。そのため、このウイルスの変異は主にこのスパイクタンパク質周辺で研究されている[4]。これらの変異により、血清中和作用が著しく低下したり [5-7]、ACE2との結合が強くなったりする [8-11]。多くの非依存的変異は進化の過程でしばしば収束することから [12-14]、ヒトへの適応を高めると考えられている。しかし、ウイルスの全長30,000塩基を考えると、変異はさらに多様であり、ウイルスの進化を理解するためにはゲノム全体を研究することが不可欠である。
研究の目的は2つある。第一に、オミクロン変異型の特徴と、それがどのように進化してきたかを理解することである。これまでWHOは、特に感染力が強く広範囲に感染する亜種を、アルファで始まるギリシャ文字で区別してきた[15]。しかし、2021年末に出現したオミクロン変種は、これまでのどの変種よりも感染性が高く、ウイルスの短い歴史の約半分にわたって持続し、支配的であった。
第二に、SARS-CoV-2ウイルスとインフルエンザH1N1ウイルスの変化を比較することである。同様に感染力が強く、毎年大流行を引き起こすインフルエンザウイルスは、しばしばCOVID-19と同一視される。しかし、これは妥当な比較なのだろうか？それとも、これらはまったく異なる性質を持っているのだろうか？それらを主成分分析（PCA）を用いて調べた［16］。

これは私のたぶん９報目のボランティアであります。
日本語で、とおもったのだけど下書きからかなり遷移したので、けっきょく
英文を和訳しています。あんま意味ねえな。

というわけで、実物を読んでくだされ。
おそらく数日内にＣＯＶＩＤにでます。でました。

ごくかいつまんでいうと、変異のしかたがインフルとかなり異なる。
おそらくは、獲得免疫の回避のために変異していない
（例外がmRNAワクチンへの対応）。

どうも新規患者に感染できるように変異している。
だから、これまで感染しなかった人を中心にして、おそらく流行は続く。

JN.1は変異のしかたがすごくて、まあたぶん新しいワクチンに対応したのだろうけど、
新しい人を掘り起こしたものとおもわれる。
変異のしかたもこれまでになかったところが変わっている。
こんなふうにして変異は続いていきそうだよ。