インフルエンザウイルスの配列解析

Re-evaluation of the evolution of influenza H1 viruses using direct PCA　
https://www.nature.com/articles/s41598-019-55254-z

PCAつかって解析した。
それまではNJつかってたので間違いが多かったし、
年々かわってくのをちゃんと見れてなかった。

たとえばtriple reassortmentってのはその間違い。たぶんフェイク。
年々かわってくのは気づいていたろうけどリアルじゃなかった。

N1H1が年々かわるのはたぶん、ほとんど全員が不顕性に感染するから。
全員が免疫もってればもう出てこれない。
まあ数年まえのウイルスを、しかも卵で増えるように変化させてからワクチンにしたって、
そりゃ効かないよねえ。
インフルのワクチン効かない大きな原因のひとつはこれ。

あと、渡り鳥は無実だった。
あれが鳥インフル運ぶなら、ヨーロッパ産の株はもっと世界規模で出なきゃだし、
あちこちのをヨーロッパで見なきゃおかしい。

豚はミキシングボウルだけど保管庫でもあった。
年代物のヒトウイルスが最近のブタから検出されてる。

等々。ちょっと見ただけのこの論文で、こんなに新しいことが出てきてるのは、
要するにそのメソッドが良いから。 R使えれば使える、コードをGitHubで配ってる。

https://github.com/TomokazuKonishi/direct-PCA-for-sequences